Principalul obiectiv în Story Mode este ca jucătorul să îi găsească și să îi întemnițeze în buclucașa cutie pe cei opt tricksteri care au evadat din ea. Aceștia sunt inspirați de personaje din diverse mitologii și poartă nume precum Loki sau Maui (un trickster din mitologia hawaiană).

Pentru a-și îndeplini obiectivul justițiar, jucătorul va călători în patru locații din jurul lumii pentru a recupera câte un fragment din cutia Pandorei. Odată adunate, aceste bucăți de obiecte magice vor putea fi folosite la prinderea tricksterului.

Fiecare locație conține câte zece puzzle-uri, iar o bucată din cutia Pandorei este ascunsă în spatele unuia dintre ele (locația fragmentului este, din câte am observat, aleatorie). Odată ce ai găsit cele patru fragmente din cutie, va trebui să rezolvi un puzzle mai complicat (un fel de „boss puzzle”), pentru a captura cu succes trickster-ul. După ce îl întemnițezi, poți trece la nivelul următor.

În spatele puzzle-urilor rezolvate se mai pot ascunde și bonusuri ajutătoare, care sunt de două tipuri: Hints și Free Puzzle Tokens. Hints sunt cele mai comune, pot fi activate în timpul unui puzzle și vor executa o mutare corectă, ușurând sarcina jucătorului. Free Puzzle Tokens sunt ceva mai interesante și pot fi obținute fie pentru rezolvarea unui puzzle care oferă token, fie de fiecare dată când rezolvi zece puzzle-uri de orice tip.

Acest lucru încurajează jucătorii să nu se grăbească și să rezolve cât mai multe puzzle-uri, deoarece un Free Puzzle Token este o resursă foarte prețioasă: aceste token-uri te lasă să rezolvi automat orice tip de puzzle. Se poate sări chiar și peste „boss puzzles”, dar acestea necesită mai mult de un token pentru a putea fi ocolite, spre deosebire de puzzle-urile tradiționale.